Deep Cover adalah film thriller kriminal yang menggali dunia gelap dari penyelidikan narkotika dan konspirasi internasional. Cerita dimulai dengan seorang agen narkotika muda, David Westbrook (diperankan oleh Michael B. Jordan), yang dipilih untuk menyusup ke dalam sindikat narkoba yang paling berbahaya dan sulit dijangkau di dunia. Berdasarkan informasi intelijen, kelompok ini memiliki jaringan distribusi yang menghubungkan Amerika Serikat dengan berbagai negara di seluruh dunia. David, yang dikenal dengan kemampuan luar biasanya dalam penyamaran, menerima tugas berisiko tinggi untuk menyusup dalam identitas baru sebagai seorang pengedar narkoba kelas atas, dengan harapan bisa mengungkap organisasi ini dari dalam.

Namun, seiring berjalannya waktu, David mulai terperangkap dalam dunia yang penuh dengan kekerasan, ketidakpercayaan, dan pengkhianatan. Dalam penyamarannya, dia bertemu dengan banyak orang yang juga terjebak dalam perputaran kejahatan, termasuk seorang wanita misterius, Maria (diperankan oleh Zoe Saldana), yang bekerja sebagai kurir utama bagi sindikat tersebut. Meskipun awalnya tidak yakin apakah Maria bisa dipercaya, David semakin terikat padanya karena kedalaman emosional yang ia rasakan. Namun, hubungan mereka yang rumit berpotensi mengancam misi yang seharusnya objektif. Di sisi lain, David juga harus berhadapan dengan rekan-rekannya di kepolisian yang mulai meragukan integritasnya karena cara-cara yang dia tempuh dalam operasi ini.

Seiring David semakin dalam menyelam ke dalam dunia kriminal, ia menemukan bahwa ada sesuatu yang jauh lebih besar dari yang dia kira. Tidak hanya sindikat narkoba yang dia selidiki, tetapi juga sejumlah pejabat tinggi dan tokoh politik yang terlibat dalam jaringan ini. Pencarian David untuk kebenaran semakin membingungkan ketika ia menemukan bahwa orang-orang yang seharusnya menjadi sekutunya, termasuk dalam pemerintahannya, malah memiliki kepentingan yang lebih gelap. Dengan ancaman yang semakin nyata dari semua sisi, David harus memilih antara tetap menjaga identitasnya sebagai seorang agen yang loyal atau membelot untuk mengungkapkan kebenaran yang dapat meruntuhkan seluruh sistem yang ada.

Film ini mencapai klimaksnya dalam sebuah pertempuran penuh ketegangan di mana David harus menghadapi pilihan hidup dan mati, serta kenyataan pahit bahwa tak ada pihak yang benar-benar bersih dalam dunia yang ia masuki. Dalam twist yang mengejutkan, David akhirnya mengungkapkan konspirasi besar yang melibatkan berbagai pihak, namun dengan harga yang sangat mahal. Deep Cover berakhir dengan pertanyaan moral yang menggantung, apakah keadilan dapat tercapai di dunia yang dipenuhi dengan korupsi dan kebohongan, serta sejauh mana seseorang bisa mempertahankan integritasnya ketika ia terperangkap dalam dunia yang lebih gelap dari yang ia bayangkan.